مجاهدین از تهاجم اکراد به ویژه اتحادیه میهنی کردستان (یکتی) به رهبری جلال طالبانی خیلی می ترسید. از طرفی هم کُردکشی سال 1370 در منطقه کفری به طور مضاعف بر این دشمنی می افزود و سازمان نمی خواست خودش را درگیر این مناقشات بکند به همین دلیل تلاش داشت هرچه زودتر با نیروهای آمریکایی به توافق برسد .

شاهزاده ترکی الفیصل آن زمان مسئول استخبارات عربستان بود و سابقه ارتباطش با سازمان به آن سالها برمی‌گردد. ملک عبدالله هم ولیعهد بود؛ ملک عبدالله گاه حتی مستقیم کارهای مسعود رجوی را کنترل و رسیدگی می کرد.

رجوي كه روزي آمريكا را دشمن خلق ها و ترور نظاميان آمريكايي را افتخار خود می دانست حال به جايي رسيده بود به ماليدن تن خود به دست آمريكائيان افتخار می کرد. رجوی چه خوشرقصي ها كه نمي كرد تا اين امر ميمون و مبارك براي او و سازمانش اتفاق بيفتد تا باز و براي مدتي ديگر به حيات ننگين و زالو وارش در دامن بیگانگان ادامه دهد و اربابان جديدش را شاد و خوشحال كند.

از عكس العمل هاي مردم و فرار سربازان و نظاميان از پادگانها ، مشخص بود كه دولت مركزي ضعيف شده و در حال سقوط مي باشد . ول شدن خودروهاي نظامي در كنار جاده ها ، فرار نظاميان از بغداد و مناطق مركزي عراق و شروع تدريجي غارت خودروهاي نظامي و حمله تدريجي به پادگانها ، فعال شدن نيروهاي 9 بدري در جاده ها و برخي تهاجمات جاده اي آنها به ستون هاي ما حاكي از سقوط قريب الوقوع دولت مركزي بود.

حکومت صدام حسين نهايتاً در بیست  فروردين سال 1382 و بر اثر انبوهي بمباران  بي وقفه و سنگين آمريكا و متحدانش سقوط كرد و صدام نيز همانند ساير ديكتاتورهاي ديگر به زباله دان تاريخ پيوست و رو سياهي در مقابل ملت ایران و حتی اعضای خود مجاهدین با همه ادعاها و فریبکاری هایش بازهم به رجوي ماند.

وقتی رجوي تحلیل می کرد که آمریکا نه به عراق بلکه اول به افغانستان حمله خواه کرد، تنها دو چيز در ذهن آدمي قابل تصور بود يا او عمداً چنين تحلیلی می کرد تا به نيروها روحيه داده و از ترس و بهم ريختگي آنها جلوگيري كند و يا واقعاً سطح فهم او به همان اندازه اي بود كه حرفش را مي زد.

بعد از پذيرايي هاي اوليه مژگان پارسایی از فرمانده سپاه دوم عراق در قرارگاه علوی شروع به تعريف و توصيف از صدام حسین و صحت خط و خطوط وي کرد. سپس به حضور سازمان در اين منطقه اشاره کرد و گفت با توجه به تجربه سال 1370 باعث دلگرمي شما خواهد بود که ما اینجا هستیم و مطمئن باشيد ما مثل هميشه در كنار شما خواهيم بود و نمي گذاريم وابستگان به جمهوری اسلامی (که منظورش احزاب کرد عراقی بود) از اين محور گزندي به شما برسانند.

تمامي قرارگاههاي سازمان در هركجاي عراق كه مستقر بودند. با نزديك ترين فيلق (سپاه) ارتش عراق در هماهنگي بودند و مسائل استقراري خود را با همين فيلق هاي عراق حل و فصل ميكردند.

از سال 1381 به بعد كه بازديد هاي آنمویك UNMOVIC) )، كمیسیون بازرسی ، تایید و كنترل سازمان ملل ، درخاک عراق شدت يافت. تحليل مجاهدین اين بود كه امكان دارد آنمويك بخواهد از قرارگاههاي سازمان نيز بازديد كند به ویژه اين كه در آن مقطع شايعاتي مبني بر اين كه بخشي از سلاحهاي كشتار جمعي عراق در برخي از قرارگاههاي سازمان نگهداري می شود نيز بر شدت اين حدس و گمانها مي افزود .

از آنجائي كه رجوي سرنوشت خود را با صدام گره زده بود، بنابراين تمامي تحولات ايجاد شده در عراق بوسطه حملات 11 سپتامبر به نوعی سرنوشت سازمان را نيز تعيين تكليف می کرد. و این آغاز پایان یک گروه تروریستی و وطن فروش در خاک عراق بود که توانسته بود بواسطه جنگ ایران و عراق به حیات خائنانه خود ادامه دهد.