در چنین سردرگمی خطی – استراتژیکی بود که  تسلیم در برابر ارتش آمریکا و تحویل سلاح،  بهترین تصمیم برای سران مجاهدین برای بقای سازمان تشخیص داده شد. همچنانکه شخص رجوی در یک پیام درون تشکیلاتی اعلام کرد اگر امروز ما سلاح هایمان را تحویل می دهمی مطمئنا در فردایی نه چندان دور بهترین سلاح ها را از دست خود همین آمریکایی ها دریافت خواهیم کرد.

مرحله دوم اقدامات تروریستی مجاهدین از تابستان 1361 تا پایان سال 1362 بود. در این مرحله، سازمان به اعضا و هواداران وانمود می کرد که مرحله اول برنامه سرنگونی نظام جمهوری اسلامی یعنی هدف قرار دادن رأس هرم قدرت در ایران با موفقیت سپری شده است، و اکنون ضربه به بدنه نظام جمهوری اسلامی یا به تعبیر سازمان، «سرانگشتان رژیم»  شامل پاسداران، بسیجیان و همچنین افراد طرفدار نظام از عامه مردم در دستور کار قرار دارد.

فعالیت های تروریستی مجاهدین  و  تبدیل این گروه  به یک فرقه سیاسی –  مذهبی متأثر از سه عامل؛ شرایط سیاسی – اجتماعی حاکم بر ایران در دوره پهلوی، چرخه معیوب حاکم  بر  ایدئولوژی و  اندیشه های چپ گرایانه و التقاطی سازمان، توهم و ناکامی سازمان در فضای سیاسی پس از پیروزی انقلاب 22 بهمن سال 57 ، بوده و  حمایت مستقیم قدرت های منطقه ای و فرامنطقه ای نیز نقش موثری در گسترش و تداوم اقدامات تروریستی آنان داشته است.